Nel tipico stile Škoda, il bagagliaio di Kodiaq offre caratteristiche estremamente pratiche. Gli oggetti possono essere fissati nel bagagliaio utilizzando le chiusure cargo. Basta far scorrere, ad esempio, le scatole o le borse della spesa tra le chiusure e queste non scivoleranno più. Gli elementi di fissaggio del carico possono essere ripiegati e riposti a lato del bagagliaio o sotto il pianale variabile.