Come in tutte le auto della gamma Škoda, il bagagliaio della Nuova Fabia è estremamente pratico: grazie ad appositi fermacarico, gli oggetti possono essere fissati utilizzando dispositivi cargo in modo che, durante i viaggi, non si spostino. Questi elementi, una volta terminato il loro utilizzo, possono essere ripiegati e riposti sul lato del bagagliaio.